lunes, 17 de diciembre de 2012

El IRB desarrolla una plataforma que permite ver en 3D 12.000 interacciones de proteínas - JANO.es - ELSEVIER

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Interactome3D permite anotaciones estructurales de vías de señalización completas y ofrece detalles moleculares para entender mejor el papel de mutaciones en enfermedades humanas.

INVESTIGACIÓN BIOMÉDICA

El IRB desarrolla una plataforma que permite ver en 3D 12.000 interacciones de proteínas

JANO.es · 17 Diciembre 2012 14:23

Interactome 3D reúne información, hasta ahora dispersa, sobre estructuras atómicas de proteínas de ocho organismos de interés biomédico.

Científicos del Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona) han desarrollado una plafatorma de acceso abierto y gratuito que ofrece, por primera vez, la posibilidad de obtener, en modelos visuales en 3D, detalles moleculares de las interacciones entre proteínas, básicos para entender el mecanismo de aparición de algunas enfermedades y diseñar fármacos para combatirlas.

Interactome 3D aporta información fiable de más de 12.000 interacciones de proteínas para ocho organismos modelo, los más relevantes para la investigación biomédica y los estudios genéticos. Se trata de la planta Arabidopsis thaliana, el gusano Caenorhabditis elegans, la mosca Drosophila melanogaster, las bacterias Escherichia coli y Helicobacter pylori, la levadura de cerveza Saccharomyces cerevisiae, el ratón Mus musculus y Homo sapiens. La revista Nature Methods presenta los resultados de la investigación y avala la plataforma por su alta fiabilidad y precisión en la modelización de las interacciones, de un 75% de media.

Según explica Patrick Aloy, investigador ICREA del IRB Barcelona y uno de los responsables del proyecto, "no hay que ser bioinformático para moverte por la plataforma, hacer las consultas o interpretar los resultados”. Por su parte, otro de los autores, el investigador postdoctoral Roberto Mosca, señala que "la herramienta no está cerrada, iremos incorporando información para crecer en número de interacciones, pero manteniendo siempre la fiabilidad como eje central”.

Los científicos del IRB Barcelona auguran que Interactome3D tendrá una buena acogida entre la comunidad científica. “Cinco años atrás pusimos en marcha una plataforma mucho más sencilla que tiene miles de visitas al mes. Interactome3D es muy superior y sabemos que existe la necesidad de una herramienta de estas características”, arguyen.


Interactome3D
Nature Methods (2012); doi:10.1038/nmeth.2289


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